假设推理也是一种推理手段，其方法是对已有要素进行观察和分析，并根据已有要素提出相关的疑问，然后针对这些疑问进行假设，得出结论，最后再通过实验对得到的结论进行检验。这种推理也被称为假设—演绎推理。对FBI来说，假设是一种有效的推理手段。FBI能够凭借已知的细节和线索，对未知的案情、嫌疑人的身份、作案手段等进行假设推理，得出可能的结论。
假设推理的前提是“假”，也就是说这些假设出的东西可能是真的，也可能是假的。在得到验证之前，没有人能够确定它的真假，也没有人可以将假设出的理论当成真实的理论应用到别处。FBI指出，把未经验证的假设当事实，就好比科学家们不经实验和测试，直接将一种根据理论研制出的治疗癌症的新药拿给病人服用一样，都是非常危险的事情。
对于FBI来说，假设推理的应用范围非常广泛，当犯人的身份得不到确认时，当现场出现一些令人感到诧异的现象时，当犯罪现场遭到大幅度人为破坏时，当已搜集到的证据与相关人员的供词不符时，当犯人闭口不肯招出实情时，FBI都可以巧妙地运用假设推理将案件中出现的那些谜团一一破解，再诱使犯人说实话。