同时王莽下诏。将宫中的衣服颜色全部由黑色改为黄色。祭祀时常穿的“黑貂皮”衣服，全部改用黄色貂皮衣。皇帝下旨，天下莫不遵从，，只有王政君的长信宫，对王莽不理不睬，我行我素。无论是九月的“腊祭”典礼，还是十二月一日的元旦大典，王政君从来不参加。只是到了十二月腊日，王政君才找来身边的属官、宦官、侍女聚餐。
这样的日子过了五年，终于就要结束了。王政君活的太辛苦了，也许她真的该去休息了。
始建国五年（西元十三年）二月，王政君死了，终年八十四岁。她死后，王莽将姑母安葬在渭陵，与元帝合葬在一个陵园里。不过王政君并没有和丈夫真正合葬一处。二人的坟茔之间有一道排水沟分隔，这是当时的殡葬制度，叫做“同坟异穴”。
耐人寻味的是，王莽对王政君身后的祭庙设置很是奇特。王莽将常安（长安）城中的“长寿宫”改为“新室文母太后”祭庙，而以她的丈夫——汉元帝刘奭配享。刘奭的神主，则被安放在王政君神主龛架下面的一个不起眼的位置。